马耳他骑士团是受国际法承认的主权实体(Sovereign Entity),该组织被赋予发行自己的护照、邮票、货币、公共建筑及司法独立等权利。宪法由骑士团宪章及骑士法规所组成,现行宪法是1997年修改过的版本。
马耳他骑士团地位相当于国家,其元首为大教长,由国务委员会选举出,终身职。另外还有事务大臣、外务大臣、外交大臣、医务大臣、财务大臣等。政府机构有:国务委员、大议会、政务议会、政策委员会、传播部、审计部等;立法机关为法务办公室;司法机关为司法委员会和独立法院。
骑士团共有两栋享有治外法权的建筑位于罗马,一为总部马耳他宫,是大教长官邸及政府行政中心。一为马耳他部,主管者为罗马修道院院长,该部是马耳他骑士团外交部,也是马耳他骑士团驻意大利兼教廷驻大使馆。马耳他骑士团的全名为耶路撒冷、罗得岛及马耳他圣若望独立军事医院骑士团 ,该组织初于1080年在耶路撒冷成立阿马尔菲医院,其目的是帮助及提供前往圣地朝圣的穷人与病人。在1099年第一次十字军东征期间占领耶路撒冷后便成为一天主教军事修士会。在之后陆续丧失天主教圣地的情形下移至罗得岛,但还是保持其主权独立地位,之后再迁往马耳他,该地当时是西班牙驻西西里岛总督的行政中心。纵使最后骑士团遭拿破仑逐出马耳他岛,但存活下来的团员依旧继续活动。在当时骑士团的女爵只是骑士的辅佐而已,而马耳他骑士团是整个圣传的承接者。
国际上对马耳他骑士团有个大致的定义,即马耳他骑士团为一主权实体比为一个国家的定位更恰当。马耳他骑士团不像教廷还拥有梵蒂冈城,自1789年失去马耳他岛后,骑士团就一直没有属于自己的领土。联合国并未将其分类为正式会员国家,而是将其视为长期受邀之实体与国际组织。马耳他骑士团全名耶路撒冷、罗得岛及马耳他圣若望独立军事医院骑士团 (意大利文:Sovrano Militare Ordine Ospedaliero di San Giovanni di Gerusalemme)古名医院骑士团为三大骑士团之一。 该组织初于1050年在耶路撒冷成立阿马尔菲医院,其目的是帮助及提供前往圣地朝圣的穷人与病人。在1099年第一次十字军东征期间占领耶路撒冷后便成为一天主教军事修士会。在之后陆续丧失天主教圣地的情形下移至罗得岛,但还是保持其主权独立地位,之后再迁往马耳他,该地当时是西班牙驻西西里岛总督的行政中心。纵使最后骑士团遭拿破仑逐出马耳他岛,